Sejak Bulan maret 2020 karena Pandemi Covid-19 ini berlangsung segala aktivitas masjid Al-Mursyid Al-Irsyad Jember yang berada di dalam Lembaga Al-Irsyad Al-islamiyyah Jember harus ditutup untuk umum dikarenakan menginsisipasi penyebaran Virus ini.

Sejak terbitnya Surat Edaran Menteri Agama Nomor 15 Tahun 2020 tentang Panduan Penyelenggaraan Kegiatan Keagamaan di Rumah Ibadah dalam Mewujudkan Masyarakat Produktif dan Aman dari Covid-19 di Masa Pendemi maka Lajnah Dakwah Al-irsyad Al-Islamiyyah Jember tanggal 10 Juni 2020 mengajukan permohonan izin pelaksanaan ibadah Sholat 5 waktu dan Sholat jumat

alhamdulillah tanggal 12 Juni 2020 Tim Gugus Tugas Kabupaten Jember melakukan peninjauan secara langsung berkaitan kesiapan Masjid Al-Mursyid Al-Islamiyyah jember melaksanakan kegiatan di Masjid dengan Protokol covid-19 yang telah ditentukan pemerintah.